W realizacji zadań Wydział współpracuje ze wszystkimi wydziałami Urzędu, jednostkami organizacyjnymi Miasta oraz z gminami obszaru metropolitalnego, a w szczególności z:
- Wydziałem Projektów Inwestycyjnych w zakresie planowania inwestycji i realizowania projektów finansowanych z funduszy zewnętrznych
- Wydziałem Budżetu Miasta i Podatków w zakresie planowania i wykonywania budżetu, wieloletniej prognozy finansowej oraz zaciągania pożyczek preferencyjnych na zadania realizowane przez wydział
- Wydziałem Ekologii i Energetyki w zakresie realizacji zadań dotyczących gospodarki wodno – ściekowej Miasta, gospodarki odpadami, budowy terenów zieleni miejskiej oraz prowadzenia działań z zakresu Gospodarki Obiegu Zamkniętego
- Wydziałem Polityki Gospodarczej w zakresie spraw dotyczących spółek użyteczności publicznej, w tym przekazywania informacji finansowo – ekonomicznych, planowanych inwestycji oraz obsługi inwestora i przedsiębiorcy
- Wydziałem Rozwoju Społecznego w zakresie współpracy z organizacjami pozarządowymi
- Wydziałem Bezpieczeństwa i Zarządzania Kryzysowego w zakresie ochrony przeciwpożarowej nadzorowanych podmiotów
- Wydziałem Finansowym w zakresie realizacji dochodów i wydatków Urzędu oraz ewidencji księgowej mienia
- Biurem Prezydenta oraz Wydziałem Ekologii i Energetyki w zakresie planowania i wdrażania działań edukacyjnych, promocyjnych i informacyjnych dotyczących gospodarki komunalnej, realizowanych przez Miasto, w tym jednostki organizacyjne Miasta
- jednostkami organizacyjnymi Miasta w zakresie realizacji programów, konkursów w celu utrwalania dobrych praktyk i aktywizacji mieszkańców w podnoszeniu jakości życia
- Biurem Rozwoju Gdańska w zakresie opracowywania miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego z uwzględnieniem problematyki gospodarki komunalnej oraz spraw dotyczących rozwoju Miasta, w tym przekazywanie informacji statystycznych w zakresie gospodarki komunalnej
- Strażą Miejską w zakresie usuwania odpadów z miejsc do tego nieprzeznaczonych oraz utrzymania czystości i porządku w Mieście, w tym prowadzenia postępowań kontrolnych
- Gdańskim Zarządem Dróg i Zieleni w zakresie usuwania nielegalnych wysypisk
- Gdańskimi Wodociągami S.A., Gdańskimi Wodami sp. z o.o., Gdańskim Przedsiębiorstwem Energetyki Cieplnej sp. z o.o., Zakładem Utylizacyjnym sp. z o.o., Portem Czystej Energii sp. z o.o., Gdańskimi Usługami Komunalnymi sp. z o.o., Gdańską Infrastrukturą Wodociągowo – Kanalizacyjną sp. z o.o., w zakresie zarządzania infrastrukturą komunalną, planowania inwestycji oraz ustalania cen za usługi komunalne
- organami dzielnic Miasta w zakresie spraw objętych działaniem wydziału
- uczelniami wyższymi, szkołami, instytucjami i organizacjami pozarządowymi w zakresie wdrażania założeń gospodarki odpadami w Mieście
- innymi miastami oraz instytucjami w kraju w zakresie planowania i realizacji projektów edukacyjno – promocyjnych dotyczących gospodarki odpadami komunalnymi.