W realizacji zadań Wydział współpracuje ze wszystkimi wydziałami Urzędu, jednostkami organizacyjnymi Miasta oraz z gminami obszaru metropolitalnego, a w szczególności z:

• Wydziałem Budżetu Miasta i Podatków w zakresie planowania i wykonywania budżetu, wieloletniej prognozy finansowej oraz zaciągania pożyczek preferencyjnych na zadania realizowane przez wydział;
• Wydziałem Urbanistyki i Architektury w zakresie uwarunkowań do decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu związanych z ochroną środowiska, zieleni, opiniowania lokalizacji inwestycji pod kątem ochrony wód i ochrony przeciwpowodziowej, zgodności wnioskowanych prac geologicznych z warunkami zabudowy i zagospodarowania terenu, uzgadniania sposobu
  postępowania z ziemią i gruzem, przeznaczania działek rolnych oraz wyłączania gruntów rolnych z produkcji, budowy, rewaloryzacji oraz urządzania terenów zielonych w obrębie przestrzeni publicznej, uzgodnień zakresu raportu oddziaływania inwestycji na środowisko, prowadzenia publicznie dostępnych wykazów danych;
• Wydziałem Projektów Inwestycyjnych w zakresie planowania inwestycji, realizowania projektów finansowanych z funduszy zewnętrznych, poprawy efektywności energetycznej oraz realizacji założeń polityki ekologicznej Miasta przy planowaniu i realizacji inwestycji dotyczących budowy: zbiorników retencyjnych, osłony przeciwpowodziowej Miasta, modernizacji potoków, kanalizacji sanitarnej i deszczowej, modernizacji gospodarki odpadami;
• Wydziałem Gospodarki Komunalnej w zakresie realizacji zadań rzeczowych dotyczących urządzeń wodno – melioracyjnych i zieleni w celu realizacji zadań związanych z ochroną środowiska, eksploatacji: ujęć wody, miejskich oczyszczalni ścieków, rzek i potoków, kanalizacji deszczowej i sanitarnej w aspekcie ochrony przeciwpowodziowej, ochrony jakości i zasobów wód oraz naruszeń stosunków wodnych związanych z eksploatacją urządzeń wodno – melioracyjnych, gospodarki odpadami, budowy terenów zieleni miejskiej, prowadzonych prac w lasach komunalnych, a także w zakresie planowania i wdrażania działań edukacyjnych, promocyjnych i informacyjnych dotyczących gospodarki komunalnej realizowanych przez Miasto, w tym jednostki organizacyjne Miasta
• Wydziałem Bezpieczeństwa i Zarządzania Kryzysowego w zakresie ochrony przeciwpowodziowej i zabezpieczeń przed nadzwyczajnymi zagrożeniami środowiska, dopuszczania do użytkowania strzelnic
• Biurem Rozwoju Gdańska w zakresie opiniowania miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego
• Wydziałem Edukacji w zakresie prowadzenia edukacji ekologicznej
• Strażą Miejską w związku z nielegalnym odprowadzaniem nieczystości
• Wydziałem Polityki Gospodarczej w zakresie obsługi inwestora i przedsiębiorcy
• Wydziałem Skarbu w zakresie wydzierżawiania gruntów rolnych
• Izbą Rolniczą w zakresie opiniowania projektów przepisów i regulacji prawnych dotyczących rolnictwa
• Społeczną Strażą Rybacką w zakresie amatorskiego połowu ryb
• Biurem Prezydenta w zakresie wizerunkowych projektów ekologicznych Miasta
• Wydziałem Finansowym w zakresie realizacji dochodów i wydatków Urzędu oraz ewidencji księgowej mienia
• Wydziałem Rozwoju Społecznego w zakresie współpracy z organizacjami pozarządowymi
• Wydziałami Infrastruktury, Edukacji, Rozwoju Społecznego, Mieszkalnictwa, Biurem Prezydenta ds. Kultury, Gdańskimi Nieruchomościami w zakresie poprawy efektywności energetycznej budynków użyteczności publicznej
• Biurem Zamówień Publicznych w zakresie wspólnych zamówień publicznych na zakup energii elektrycznej, paliw gazowych oraz zaopatrzenia w ciepło
• wydziałami i jednostkami organizacyjnymi Miasta w zakresie opiniowania zadań inwestycyjnych, programów oraz strategii dotyczących zaopatrzenia w ciepło, energię elektryczną, paliwa gazowe, efektywności energetycznej oraz realizacji Polityki Zielonego Ładu w Gdańsku – Gdański Pakt dla Klimatu i stosowania odnawialnych źródeł energii
• przedsiębiorstwami energetycznymi, uczelniami krajowymi i zagranicznymi oraz organizacjami propagującymi efektywne użytkowanie i zarządzanie energią.

Wydział wykonuje zadania związane z nadzorem nad działalnością Gdańskiego Ogrodu Zoologicznego.

Wydział wykonuje zadania związane ze współpracą z Powiatowym Inspektoratem Weterynarii.