Urodził się 14 marca 1827 r. w Gummersbach w Nadrenii. Studiował prawo na uniwersytetach w Heidelbergu i Bonn. Wiele lat pracował w administracji państwowej: był landratem w Nadrenii, komisarycznym burmistrzem Królewca /1865-1866/, radcą w biurze rejencji w Królewcu, prefektem Strasburga.

Z dniem l kwietnia 1879 r. został nadprezydentem prowincji Prusy Zachodnie w Gdańsku, łącząc w latach 1879-1880 tę funkcję z prezydenturą gdańskiej rejencji. W czasie swego urzędowania kontynuował tworzenie nowych instytucji i biur przewidzianych w schemacie organizacyjnym tej nowej prowincji /powstała l kwietnia 1878 r/. Wybudował budynek dla biur nadprezydentury i sejmiku prowincji przy ul. Nowe Ogrody, wspierał budowę nowych linii kolejowych, zakładów oświatowych i opieki społecznej /zakład dla ociemniałych w 1886 r. we Wrzeszczu/, kamiennej śluzy w Płoni.

Po śmierci w 1888 roku cesarza Wilhelma i jego następcy Fryderyka III, nowym władcą Niemiec został Wilhelm II. Nieprzychylnie nastawiony do K.A. Ernsthausena zmusił go do złożenia 20 sierpnia 1888 r. dymisji z zajmowanego stanowiska. 15 września Ernsthausen wraz z rodziną opuścił Gdańsk. Przed wyjazdem, 8 września, odebrał jeszcze tytuł Honorowego Obywatela Elbląga. Zlekceważył natomiast decyzję Rady Miejskiej Gdańska z 4 września o podobnym wyróżnieniu. Nie odebrał przesłanego mu pocztą dyplomu. Dopiero po dalszej korespondencji, przyjął 6 listopada 1889 roku w Berlinie delegację władz miasta, która wręczyła mu odpowiedni dyplom ozdobiony przez Ernsta Waldemara Otto widokami miasta. W 1894 r. ukazały się jego wspomnienia z pracy w administracji państwowej, której poświęcił całe swoje zawodowe życie. Zmarł w Bonn 19 sierpnia 1894 r.