Do prowadzenia działalności przez ZTM wyodrębnia się następujące piony:
Pion Dyrektora DN:
| - Radca Prawny | NR |
| - Dział Kadr i Organizacji | NA |
| - Dział Komunikacji i Marketingu | NK |
| - Dział Mobilności Aktywnej | NM |
Pion Z-cy Dyrektora ds Operacyjnych DO:
| - Dział Przewozów | OP |
| - Dział Usług Przewozowych | OU |
| - Dział Informacji Przystankowej | OI |
| - Centrala Ruchu | OC |
Pion Z-cy Dyrektora ds Systemowych DS:
| - Dział Utrzymania Systemów | SU |
| - Dział Organizacji Sprzedaży Biletów | SO |
| - Dział Analiz | SA |
| - Dział Dostępności | SD |
Pion Głównego Księgowego DK:
| - Dział Księgowości i Płac | KK |